Postdoktor inom strukturbaserad läkemedelsdesign med maskininlärning

Är du intresserad av att utveckla metoder för att upptäcka nya läkemedel med hjälp av datorsimuleringar? Vi välkomnar din ansökan till en postdoktortjänst i den internationella och vetenskapligt framstående forskningsmiljön vid Institutionen för cell- och molekylärbiologi, Uppsala universitet.

Institutionen för cell- och molekylärbiologi (https://icm.uu.se) är organiserad i sju forskningsprogram med inriktning på beräkningsbiologi och bioinformatik, mikrobiologi och immunologi, molekylärbiologi, molekylär biofysik, molekylär evolution, molekylär systembiologi och strukturbiologi.

Tjänsten är placerad i forskargruppen som leds av professor Jens Carlsson och som ingår i forskningsprogrammet för beräkningsbiologi och bioinformatik. Carlssons forskargrupp utvecklar och tillämpar modelleringsmetoder för att studera molekylära interaktioner mellan proteiner och ligander, särskilt hur receptorer och enzymer binder läkemedel. G-proteinkopplade receptorer är ett centralt forskningsområde för gruppen eftersom de spelar viktiga roller i fysiologiska processer. Forskargruppen använder strukturbaserade modeller för att förstå de molekylära mekanismerna bakom receptorsignalering och för att designa ligander till dessa farmakologiskt viktiga målproteiner, ofta i nära samarbete med experimentella forskare. Carlssons forskargrupp är internationell och också en del av Science for Life Laboratory (http://www.scilifelab.se/). Besök forskargruppens webbplats (www.carlssonlab.org) för mer information.

Arbetsuppgifter

Projektets huvudsakliga mål är att utveckla och tillämpa strukturbaserade screeningmetoder för att identifiera ligander till peptidbindande receptorer i stora kemiska bibliotek. Inom projektet kommer molekylär dockning och maskininlärningsmetoder att användas för att söka efter ligander i kombinatoriska bibliotek av peptider och peptidomimetika, samt i samlingar av naturligt förekommande peptider från mikroorganismer, växter och djur. Arbetet omfattar också samarbeten med experimentella forskargrupper inom projektet Biodiversity2Drugs (https://www.biodiversa.eu/2025/04/08/biodiversity2drugs/), som fokuserar på att identifiera bioaktiva peptider som påverkar receptorer med terapeutisk relevans.

Kvalifikationskrav

Doktorsexamen i beräkningskemi eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen i beräkningskemi. Examen ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Främst bör den komma ifråga som har avlagt examen för högst tre år sedan. Vid beräkning av ramtiden om tre år är utgångspunkten sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan sådan examen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, etc.

Kompetens inom beräkningskemi, med dokumenterad erfarenhet av kemoinformatik och strukturbaserad liganddesign, är ett krav. Goda kunskaper i molekylär dockning eller co-folding-metoder för att förutsäga protein–ligandkomplex samt erfarenhet av att arbeta med kemiska bibliotek är ett krav. Goda skriftliga och muntliga kunskaper i engelska är ett krav eftersom arbetet sker i en internationell miljö. Vi lägger stor vikt vid personliga egenskaper såsom god samarbetsförmåga, kreativitet, motivation och självständighet.