Postdoktor i AI-driven spatial biologi i den mänskliga tarmen

Arbetsuppgifter

Hur organiserar sig celler till komplexa mänskliga vävnader, och kan AI avslöja vävnadsarkitekturen vid hälsa och sjukdom? Koplev-labbet vid KTH och SciLifeLab söker en ambitiös postdoktor som ska leda utvecklingen av beräkningsmetoder för att modellera mänsklig vävnadsarkitektur med hjälp av data från encells- och spatial transkriptomik.

Tjänsten ingår i ett forskningsprojekt som finansieras av Digital Futures, i samarbete med biträdande lektor Wei Ouyangs AICell Lab. Projektet syftar till att utveckla autonoma AI-system som kan utföra bioinformatiska analyser från början till slut – inklusive att skriva och köra kod, utvärdera resultat, förfina analysmetoder och generera biologiska hypoteser som kan testas. En central utmaning är att fastställa hur AI-agenter kan testas och övervakas på ett rigoröst sätt för att möjliggöra vetenskapliga upptäckter.

Forskningen kommer att fokusera på sjukdomar i mag-tarmkanalen, såsom Crohns sjukdom, ulcerös kolit och kolorektalcancer. Projektet innefattar utveckling och utvärdering av metoder inom maskininlärning för att identifiera celltyper och karakterisera vävnadsnischer vid olika sjukdomstillstånd.

Den sökande kommer att leda forskningsprojekt i skärningspunkten mellan artificiell intelligens, maskininlärning och spatial biologi. Arbetsuppgifterna inkluderar:

• Att utveckla och utvärdera AI-agenter för automatiserad analys av data från encells- och spatial transkriptomik.
• Att integrera storskaliga dataset från spatial transkriptomik, med hänsyn till olika teknologier, vävnader och sjukdomar.
• Att undersöka biologiska mekanismer bakom vävnadsorganisering, såsom immuncellers migration och signalering mellan celler.
• Att sprida forskningsresultat genom vetenskapliga publikationer, konferenser och mjukvara med öppen källkod.

Den sökande blir en del av en växande och samarbetsinriktad forskargrupp vid institutionen för genteknologi och SciLifeLab. Laboratoriets bredare forskningsprogram studerar vävnadsarkitektur i mag-tarmkanalen, hjärtat och det kardiovaskulära systemet, vilket ger utrymme att utveckla nya vetenskapliga inriktningar utifrån den sökandes egna intressen och expertis. Postdoktorn förväntas bidra till gruppens vetenskapliga utveckling, bland annat genom att handleda studenter och stödja samarbetsprojekt. Tjänsten erbjuder möjligheter att utveckla vetenskapligt ledarskap och etablera en självständig forskningsprofil, som förberedelse för en framtida karriär som forskargruppsledare eller senior forskare.

Mer information: https://www.scilifelab.se/researchers/simon-koplev/

Kvalifikationer

Krav

• Doktorsexamen eller en motsvarande utländsk examen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten för anställningsbeslutet.